Nghiên cứu về lĩnh vực sông ngòi tập trung vào các vấn đề cơ bản sau:

- Thủy văn và thủy lực sông: Đặc trưng dòng chảy, chế độ thủy lực, khả năng thoát lũ và hành lang thoát lũ trên các hệ thống sông;

- Hình thái sông: Đặc trưng bùn cát, vận chuyển bùn cát, quy luật diễn biến lòng dẫn, nghiên cứu các hiện tượng xói lở bờ sông và mất ổn định các công trình trên sông;

- Chỉnh trị sông phục vụ đa mục tiêu: Phục vụ thoát lũ, giao thông thủy, giải pháp ổn định lòng sông, bờ sông, nghiên cứu các giải pháp công nghệ và giải pháp kết cấu công trình bảo vệ bờ sông.